上一部G.I.JOE大获全胜，摧毁了眼镜蛇的水下基地，抓获了眼镜蛇指挥官和迪斯特罗并关押在一艘在海上流动的航母中。这部开场简单的介绍了一下上部情况和本部人员情况，眼镜蛇两大首领依然在关押，伪装大师仍然逍遥法外（伪装大师：我在布局把GIJOE一网打尽。）。而GIJOE的开伞索、红发、断路器、重载集体放假（至于神马时候回归还是个未知数），队长袖标甩给公爵，公爵也没闲着又招募了拦路虎、杰伊小姐、弗森等一批人。    公爵和拦路虎在休假的时候正玩着游戏机，突然收到任务要去某国夺回被恐怖分子劫持的几枚核弹头。行动进展的顺利没有付出伤亡代价就夺回了核弹头，当正准备从该地区撤离的时候遭到眼镜蛇部队袭击只幸存拦路虎、杰伊小姐、弗森。公爵为了救弗森领了便当挂掉了，这3人还是躲在井里逃过一劫。实际上眼镜蛇袭击GIJOE后排地面部队搜索有没幸存者时就发现了这口井，只是往井里开了几枪（真巧一枪都没打中）而不是扔颗手雷。美国政府宣称GIJOE叛变已被全部消灭，蛇眼也被抓获。但根据上部片子，GIJOE根本不止那些人，起码埃及基地和关押眼镜蛇的两大首领的航母还应该健在。    伪装大师很高兴这次计划很成功GIJOE被一窝端，下一步该解救首领了。而关押位置还不清楚只好利用各种手段从美国总统那得知关押位置后派白幽灵跟萤火配合解救眼镜蛇指挥官。计划比较顺利关押地点不在航母上而是换到了某个高等监狱里，解救过程中白幽灵意外烧伤，被眼镜蛇指挥官安排到尼泊尔疗养，而迪斯特罗也被开除了。    当忍者集团得知白幽灵在尼泊尔疗养后，拍蛇眼和白幽灵的妹妹去抓捕，只有抓捕到白幽灵从其口中才能知晓眼镜蛇的下一步计划。于是蛇眼跟白幽灵的妹妹去尼泊尔抓捕白幽灵。这段场景预告片里也有，就是N个人在悬崖荡秋千，结果红色的武士全部挂掉，两人零损伤完成任务。    经过审讯忍者集团得知当年大师不是白幽灵杀的，而是伪装大师干的，也知道眼镜蛇下一步的作战计划。另一方面存活的拦路虎等三人也回到了美国，通过杰伊小姐的细心观察发现现在的美国总统说话和手的放置跟以前的不同是假冒的。拦路虎找到了退休的将军说明了总统是冒牌的。而将军提供线索让拦路虎等三人去调查这个总统到底是不是替身，杰伊小姐混进了一场晚宴从冒牌总统那获取了一根头发，通过基因搜索发现这个假冒总统是伪装大师撒旦假冒的。    眼镜蛇指挥官指派伪装大师召开裁减核武器大会，把拥有核武器的各国首脑聚集到一起开会，利用机谋销毁了各国的核武器。并拿出眼镜蛇新式武器胁迫各国。这时候GIJOE分头行动一面解救总统，一面破坏眼镜蛇的行动。最终萤火被拦路虎杀了，伪装大师被白幽灵杀了，眼镜蛇指挥官逃跑，给下一部留下悬念。   上一部很多主角没有登场，不知道之后能否出现。而本部迪斯特罗被开除是不是眼镜蛇指挥官故意做出决定为之后计划做出的安排，还是迪斯特罗以后要成立第三方。不过我觉得前者可能性较大，因为在白幽灵昏迷的时候萤火曾经问过眼镜蛇指挥官要不要救白幽灵，而指挥官说白幽灵还有用处。从这点看的话很有可能迪斯特罗被开除是指挥官演戏给白幽灵看，而之后蛇眼去抓捕白幽灵也是指挥官故意疏忽。那么白幽灵要么是指挥官派到GIJOE的卧底，要么就是让白幽灵给GIJOE带去一些错误的信息好为以后做准备。伪装大师曾经给总统展示了纳米科技的效果，而且上一部纳米士兵表现的水平也说明这个科技值得发展下去，顺便说句上一部第20个纳米士兵还存活着，本部眼镜蛇士兵的表现，下一部很有可能纳米士兵再度登场。我个人感觉伪装大师可能没死，这个角色对于眼镜蛇方面很重要，白幽灵上部挨了好几刀在水下都没死........        这部跟上部比起来差了很多，从科技水平来看上部有震荡枪，纳米武器，纳米士兵，高性能战斗机，深水艇等武器，而本部只有几个作战卫星，可分解战斗摩托，萤火虫侦查自毁武器。希望第3部的时候能换个导演，这个朱浩伟拍个小电影还行，像这种电影不适合他。