小姑娘希达是传说中天空之城“拉普达”王族的后裔。那曾是超越地上文明不知几千年的空中文明，但不知为何，希达的祖先离开了拉普达，抛弃发达的科技，在地面上过起隐居的生活。然而有一天，几个不明身份的男子出现在她家门口……
故事由希达所坐的飞行船遭到空中海盗的袭击而开始。一团混乱中被关在屋子里的希达试图逃跑，却不慎从万米高空的飞行船上跌落下来…… 故事另外一个主人公少年巴鲁是矿工技师的徒弟，这一天收工时，发现天上有个亮晶晶的东西正在慢慢地下落。他好奇地跑过去，发现竟然是一个好可爱的女孩子，在一团蓝光的包围下从天上飘下来了……
第二天希达在巴鲁的房间里醒来，发现了在房顶上的巴鲁，并从巴鲁那里得知自己带着飞行石飘落下来，后来在巴鲁的带领下看到房里有一张拉普达的照片。这是巴鲁的父亲历尽艰险才拍到的真正的天空之城，但除了斯威夫特之外，没有人相信他。于是父亲在郁郁寡欢中去世了。为了父亲的遗憾，巴鲁发誓，一定要向他人证实，世上真的有拉普达存在！