第1集 Within 寻获Agent Doggett被派来协助调查Mulder的失踪，Scully泼了他一杯水。第2集 Without 离散Scully认为找到Gibson就能找到Mulder，他们在沙漠里找到了Gibson。第3集 Patience 忍耐Scully和AgentDoggett去调查一个蝙蝠人的案子。第4集 Roadrunners 寄生邪神一个宗教团体把Scully困在了一个小镇上，还把一个恶心的生物放在了她身体里，完全不顾她已经怀孕了，Agent Doggett及时赶到，帮她取了出来。第5集 Invocation 幽灵兄弟一个1990年消失的孩子又出现了，还是他消失时那样大，七岁，他回来抓绑架他的坏蛋。第6集 Redrum 时光倒流一个黑人一觉醒来发觉自己在监狱中，以后每天早上醒来都是前一天，他被指控谋杀了自己的妻子。第7集 Via Negativa 心魔一个宗教团体的头可以进入别人的梦中用斧子将做梦的人杀死。第8集 Surekill 完美谋杀案一个人拥有X-Ray眼。第9集 Salvage 异变Scully和Agent Doggett调查一个可能由于暴露于不知名金属合金的人的杀人事件。第10集 Badlaa 寄身人一个印度无腿人能钻进人的身体里。第11集 The Gift 生命的意义Agent Doggett调查Mulder失踪前不久的事情，Doggett死而复生。第12集 Medusa 地铁惊魂在地铁站里发现了绿绿的水母。第13集 Per Manum 疑问许多妇女生出了alien baby被她们的医生用做实验，Scully的医生也参与了，Scully想知道自己的孩子是否正常。通过Scully的回忆，确定Mulder曾经为Sully捐精，当时没有成功，不过后来Sully奇迹般的怀孕了。第14集 This Is Not Happening 奇迹Mulder被发现死了。第15集 Deadalive 生与死Mulder葬礼后3个月后被挖出来，又活了。第16集 Three Words 对抗未来一个人声称美国要被alien接管了，他有一张“fight the future”的CD。第17集 Empedocles 邪火传承可能杀死Doggett儿子的灵魂无休止的付在别人的身上，不停的杀人。第18集 Vienen 外星异种Mulder和Doggett到一个海上的钻井平台上调查被黑油感染的工人。第19集 Alone 变异爬虫一个MS的崇拜者暂时代替休产假的Scully和Agent Doggett一起调查一个可以变成爬行动物的人的案子。Scully把Mulder送给她的阿波罗11号登月的钥匙扣送给了Agent Doggett。第20集 Essence 奔逃一个SculLy的妈妈请来的保姆换了Scully的药，大家都来保护Sully不受super soldier的追杀。第21集 Existence 启明排除万难，SculLy终于有了她的孩子，William。MS拥吻。